Każdej biurokracji stawia się zarzut, że jest za droga, że służy sama sobie i stanowi nadmierny ciężar dla tych, którzy na nią łożą. Biurokrację Unii ten zarzut spotyka z dodatkowego powodu: jej legitymacja do ustanawiania prawa jest często kwestionowana. Przy rozmaitych okazjach i z różnych stron słychać zarzuty, że europejska integracja oznacza urzędniczą konspirację elit, a tysiące biurokratów, którzy podejmują decyzje regulujące życie milionów ludzi, nie pochodzą z wyborów i odpowiadają jedynie przed Komisją, której mandat także nie pochodzi z nadania wyborców.
Przed zarzutem, że jej biurokracja kosztuje gigantyczne pieniądze, Unia broni się na specjalnych stronach internetowych, gdzie „mitom na swój temat przeciwstawia fakty”. Tak to przynajmniej nazywa. Przypomina, że budżet – około 140 mld euro – zatwierdza unijny parlament, a ten pochodzi w wyboru. Opinie na temat marnotrawstwa Unia traktuje serio i oficjalnie, regularnie z nimi walczy. Na przykład wyjaśniając, że nie jest prawdą – co podał duński tygodnik „Sondagsavisen” – że wszystkim mężczyznom zatrudnionym w unijnych instytucjach przysługuje sześć tabletek Viagry miesięcznie ani że Unia finansuje centra tresury psów lub koncerty Eltona Johna. W przypadku tresury psów i koncertów, urzędy, które wliczyły to w koszty, musiały te wydatki zwrócić, więc podatnik nie zapłacił.
Unia informuje, że koszty administracji to mniej niż 6 proc. całego budżetu, z czego połowa to płace. Polemizując z krytykami przypomina, że „statystyczny obywatel Unii płacił w 2010 r.