Zaledwie kilkanaście dni od powołania go na urząd, jesienią 1989 roku na bezbarwnej zwykle sesji Zgromadzenia Ogólnego Narodów Zjednoczonych stanął po raz pierwszy ktoś z zupełnie innego garnituru polskich ministrów. W dobrej akademickiej angielszczyźnie, bez najmniejszej tremy, powiadomił Narody Zjednoczone, że teraz Polska jest panią swojej woli, nie podlega innym i będzie prowadzić taką politykę, by eliminować ideologię ze stosunków międzypaństwowych. Czytaj – jesteśmy niepodlegli. Skubiszewski – tylko powagą tonu, a nie emocją podkreślając ów moment – tłumaczył, jakie znaczenie Polska wolna i demokratyczna będzie miała dla sąsiadów. Sam pisał to przemówienie i pamiętam, jak wielkie wrażenie wywołało ono wówczas w społeczności międzynarodowej.
Premier Tadeusz Mazowiecki słusznie wybrał go na pierwszego ministra spraw zagranicznych RP. Dla Sejmu kontraktowego Krzysztof Skubiszewski, profesor z Poznania, był postacią spoza wszelkich obozów. Spokojny, sumienny, pracowity, zakochany w prawie traktatowym, był wprostidealny dla budowy fundamentów prawno-zagranicznych nowego państwa. Starał się odnowić polską służbę dyplomatyczną zasilając ją desantem oryginalnych postaci spoza ówczesnego MSZ, ale nie przeprowadził czystki. Bywało, że zagranicznych ministrów i zagraniczne kancelarie dyplomatyczne przyciskał do ściany jako profesor prawa międzynarodowego o uznanym autorytecie.
Ta niewzruszona pewność, wynikająca z głębokiej znajomości zasad traktatowych, pomagała mu w trudnej batalii o polskie interesy podczas rokowań 2+4. Chodziło o zasady zjednoczenia Niemiec: dwa państwa niemieckie plus cztery mocarstwa. To on podpisał zarówno układ graniczny Polski z Niemcami w 1990 r., jak i był głównym negocjatorem traktatu polsko-niemieckiego o dobrym sąsiedztwie i przyjaznej współpracy z 1991 r. Jednym z kluczowych i barwnych momentów jego misji było też wspomaganie Lecha Wałęsy przy przekonywaniu prezydenta Borysa Jelcyna, że Rosja powinna przychylnie potraktować akces Polski do Sojuszu Północnoatlantyckiego.
Społeczność międzynarodowa doceniła jego wiedzę i talent dyplomaty i prawnika; powierzono mu trudną funkcję przewodniczącego Trybunału Rozjemczego USA-Iranpotem sędziego ad hoc Międzynarodowego Trybunału Sprawiedliwości w Hadze.