Naczelny Sąd Administracyjny odmówił wydania uchwały w sprawie polskich apostatów. Wniosek w tej sprawie skierował rzecznik praw obywatelskich w związku z dziesiątkami skarg płynących od obywateli. Apostaci, którzy wysyłali listy polecone do swojej parafii chrztu z oświadczeniem woli o wystąpieniu z Kościoła katolickiego i prośbą, by wpisać tę adnotację do ksiąg parafialnych, chcieli mieć pewność, że Kościół nie przetwarza już ich danych osobowych. Gdy otrzymywali odmowę od proboszcza, składali skargę do Generalnego Inspektora Ochrony Danych Osobowych. Ten jednak odmawiał interwencji i umarzał skargi, twierdząc, że Kościół nie podlega jego jurysdykcji.
Występujący z Kościoła składali skargi na decyzję GIODO do wojewódzkich sądów administracyjnych i Naczelnego Sądu Administracyjnego. Zapadały w nich różne orzeczenia. Stąd wniosek RPO, który miał doprowadzić do usunięcia stanu niepewności prawnej. Teoretycznie bowiem parafie i diecezje podlegają ustawie o ochronie danych osobowych, ale nie ma żadnych instrumentów kontroli tego, jak przetwarzają one dane obywateli. Daje to parafiom w tej kwestii podobny status do służb wywiadu czy kontrwywiadu.
W uzasadnieniu odmowy wydania uchwały sędzia Jacek Chlebny stwierdził, że „kwestia przynależności do Kościoła katolickiego i wystąpienia z niego jest wewnętrzną sprawa Kościoła i podlega regulacji prawa kościelnego. GIODO ma wyłączone kompetencje w zakresie dokonywania oceny skuteczności wystąpienia z Kościoła. (…) Dokonywanie tego typu ocen stanowi wewnętrzną sprawę danej wspólnoty wyznaniowej”. Oznacza to, że dla GIODO jedynym dowodem na skuteczną apostazję może być tylko odpis aktu chrztu z właściwymi adnotacjami, który proboszcz może wydać, ale nie musi.
Z punktu obywatela wygląda to tak, że nie liczy się jego świadoma decyzja o wystąpieniu z Kościoła, konstytucyjne prawo wolności sumienia i wyznania, jego prawo do autonomii informacyjnej, czyli decydowania i kontrolowania, kto zbiera o nim dane i co z nimi robi.