Prezydencje pełnią rotacyjnie wszystkie państwa UE według ustalonej kolejności przez 6 miesięcy (kadencje trwają od stycznia do czerwca i od lipca do grudnia). Od 1 stycznia 2010 r. na mocy traktatu lizbońskiego powstało stanowisko przewodniczącego Rady Unii Europejskiej (w tej chwili jest nim Belg Herman Van Rompuy), likwidując dotychczasową zasadę, że przewodniczącym jest głowa państwa lub szef rządu państwa, które akurat sprawuje prezydencję Rady UE.
Od 2010 r. przewodniczący Rady, zwany potocznie prezydentem Unii m. in. reprezentuje Unię na zewnątrz w sprawach dotyczących wspólnej polityki zagranicznej i bezpieczeństwa.