Obowiązek prezydencji wprowadzono mocą Traktatu z 1957 r. ustanawiającego Wspólnoty Europejskie. Do 1995 r. państwa obejmowały prezydencje zgodnie z kolejnością alfabetyczną. Nowy porządek sprawowania prezydencji ustalono 1 stycznia 2007 r. Obejmuje on 27 państw członkowskich i jest określony do połowy 2020 r.
Od czasu ustanowienia traktatu lizbońskiego prezydencja ma znaczenie bardziej honorowe. Zrezygnowano z dotychczasowego rozwiązania, by to szef rządu lub głowa państwa kraju sprawującego prezydencję był automatycznie przewodniczącym Rady Europejskiej. W tej chwili funkcje te są rozdzielone i przewodniczący Rady Europejskiej, którym obecnie jest Herman Van Rompuy reprezentuje Unię w stosunkach zewnętrznych i w zakresie bezpieczeństwa.