Każdy, kto dzwoni do jego biura na Kapitolu, usłyszy w słuchawce dźwięki marsza wojskowego. Ojciec i dziadek McCaina byli admirałami marynarki wojennej, weteranami światowych wojen i nosili również imiona John Sidney. John Sidney McCain III miał pójść w ich ślady. Jak pisze jego biograf Paul Alexander, było to oczywiste od początku – nikt nie pytał młodego Johna, co chce w życiu robić. McCain to zaakceptował, ale sytuacja przymusu podświadomie potęgowała bunt. Jako uczeń elitarnej szkoły średniej miał przydomek „punk”, co z grubsza oznacza chuligana. Notorycznie łamał rozmaite zakazy i naruszał regulaminy. W Akademii Marynarki Wojennej w Annapolis nie przykładał się do nauki, tylko imprezował i uwodził kobiety; na wakacjach romansował m.in. z brazylijską modelką. Mimo skromnej postury, brylował w sporcie, zwłaszcza w zapasach i boksie. Służąc w siłach powietrznych marynarki, rozbił dwa samoloty, ale uszedł z życiem. W 1967 r. wyruszył do Wietnamu, gdzie ze stacjonującego w Zatoce Tonkińskiej lotniskowca „Forestall” odbywał loty bojowe. W lipcu tegoż roku na pokładzie okrętu wybuchł pożar, w którym zginęło 135 pilotów i marynarzy; McCain ocalał cudem.
26 października 1967 r. jego myśliwiec bombardujący Skyhawk-4 został trafiony nad Hanoi rosyjską rakietą ziemia–powietrze. McCain się katapultował i z pogruchotanymi kośćmi wpadł w ręce wroga. Pobity najpierw przez tłum, był następnie katowany w więzieniu dla jeńców, osławionym Hanoi Hilton. Wietnamczycy liczyli, że wydobędą z niego informacje dla wywiadu, a ponieważ milczał, odmówili mu leczenia; rany i złamania musiały się goić same. Był bliski śmierci, schudł 30 kg. Kiedy oprawcy dowiedzieli się, że jest synem admirała, dowódcy floty na Pacyfiku, zaproponowali mu zwolnienie, domagając się tylko pisemnego oświadczenia, że dobrze go traktowano.