Jeden z najbardziej znanych i szanowanych duchownych w Polsce, biblista i ekumenista ks. prof. Michał Czajkowski (ur.1934) miał w latach 1960–1984 regularnie współpracować z tajnymi służbami PRL. Informacje i dokumenty na ten temat przedostały się do mediów za sprawą badacza archiwów Instytutu Pamięci Narodowej dr. Tadeusza Witkowskiego, solidarnościowego emigranta politycznego w USA. Podczas pracy naukowej w IPN miał się on natknąć na zbiór dokumentów nie pozostawiających jego zdaniem wątpliwości, że ks. Czajkowski jako tajny współpracownik „Jankowski” przekazywał aparatowi represji cenne informacje dotyczące ludzi Kościoła (m.in. abp. Bolesława Kominka, który ordynował go na kapłana w 1958 r., i ks. Jerzego Popiełuszki zamordowanego przez SB w 1984 r.) oraz przywódców demokratycznej opozycji – Jacka Kuronia i Jana Józefa Lipskiego. Miał zerwać współpracę po śmierci ks. Jerzego, kapelana Solidarności.
Publikacja dr. Witkowskiego w „Życiu Warszawy” wywołała wstrząs w opinii publicznej. Sam napiętnowany zaprzeczył w wywiadzie dla tego dziennika, jakoby był agentem SB, i wyjechał z Warszawy; mediom nie udało się nawiązać z nim kontaktu. W oczekiwaniu na więcej faktów i dokumentów przyjaciele ks. Czajkowskiego deklarowali, że wierzą w jego niewinność. Ale sam Czajkowski zrezygnował z funkcji asystenta kościelnego „Więzi”, która w lipcu ma się odnieść do jego sprawy. Pracownik IPN dr Jan Żaryn, podobnie jak członek zespołu „Więzi” historyk prof. Andrzej Friszke, uważa, że wiarygodność ustaleń Witkowskiego jest bardzo wysoka. Prymas kard. Józef Glemp zaprzeczył, że ks. Czajkowski rozmawiał z nim o ks. Popiełuszce i nastawiał go doń negatywnie.
Po sprawie o. Konrada Hejmy jest to najgłośniejsza afera lustracyjna w polskim Kościele i może mieć bardzo poważne skutki, gdyby wina ks.