Znany historyk prof. Andrzej Paczkowski na kilka dni przed 20 rocznicą śmierci ks. Jerzego Popiełuszki ujawnił dokument, który nie miał prawa ujrzeć światła dziennego przez sześć najbliższych lat. Notatka opisuje spotkanie z 25 października 1984 r. W Urzędzie Rady Ministrów po pierwszych przesłuchaniach Grzegorza Piotrowskiego, jak się później okazało – zabójcy księdza Jerzego Popiełuszki, gen. Wojciech Jaruzelski spotkał się z szefem URM gen. Michałem Janiszewskim, płk. Bogusławem Kołodziejczakiem oraz mjr. Wiesławem Górnickim (który sporządził notatkę). Jednomyślnie, choć bez dowodów, doszli do wniosku, że inspiratorem porwania kapłana mógł być ówczesny sekretarz KC PZPR ds. bezpieczeństwa gen. Mirosław Milewski. Historycy, w tym prof. Paczkowski, zapewniają, że dokument nie stanowi przełomu w śledztwie dotyczącym zleceniodawców zabójstwa.
Gen. Czesław Kiszczak, ówczesny szef MSW, od lat powtarza, że inspiratorami zabójstwa byli partyjni „twardogłowi”: – Chodziło o osłabienie frakcji liberalnej w PZPR, może także o zmianę władz. Dziś generał uważa, że dzięki szybkiemu skazaniu sprawców dogmatycy w MSW zrozumieli, że z Kiszczakiem nie ma żartów. Pod podobną wersją wydarzeń podpisuje się też gen. Wojciech Jaruzelski.
Jan Olszewski, były premier i pełnomocnik oskarżycieli posiłkowych w procesie toruńskim, w którym skazano zabójców, uważa, że mord był inspirowany ze Wschodu. Zamordowanie ks. Popiełuszki miało być częścią gry na najwyższym szczeblu w Moskwie o schedę po Leonidzie Breżniewie. Warszawa była związana z jednym z kandydatów, chodziło o uderzenie w niego przez osłabienie polskich władz. – I to się udało. W późniejszym procesie kierownictwo partii okazało się na tyle mało samodzielne, że poszło po linii inspiratorów.