Premier Tadeusz Mazowiecki słusznie go wybrał na pierwszego ministra spraw zagranicznych RP. Dla Sejmu kontraktowego Krzysztof Skubiszewski, profesor z Poznania, był postacią spoza wszelkich obozów. Spokojny, sumienny, pracowity, zakochany w prawie traktatowym, był wprost idealny dla budowy fundamentów prawno-zagranicznych nowego państwa. Starał się odnowić polską służbę dyplomatyczną zasilając ją desantem oryginalnych postaci spoza ówczesnego MSZ, ale nie przeprowadził czystki. Bywało, że zagranicznych ministrów i zagraniczne kancelarie dyplomatyczne przyciskał do ściany jako profesor prawa międzynarodowego o uznanym autorytecie.
Ta niewzruszona pewność, wynikająca z głębokiej znajomości zasad traktatowych, pomagała mu w trudnej batalii o polskie interesy podczas rokowań 2+4 – chodziło o zasady zjednoczenia Niemiec: dwa państwa niemieckie plus cztery mocarstwa. To on podpisał zarówno układ graniczny Polski z Niemcami w 1990 r., jak i był głównym negocjatorem traktatu polsko-niemieckiego o dobrym sąsiedztwie i przyjaznej współpracy z 1991 r.