Przez długi czas uczeni nie potrafili odpowiedzieć, jaka jest przyczyna wymierania pszczół. Podejrzewano: chemizację rolnictwa, ocieplenie klimatu, wirusy pszczelej choroby – paraliżu, wykryte w Izraelu i Kaszmirze, a nawet rozwój telefonii komórkowej. Ten ostatni trop był badany, ponieważ pszczoły - podobnie jak ryby, walenie, żółwie i ptaki - posiadają magnetoreceptory, pozwalające im wyczuwać linie sił ziemskiego pola magnetycznego. Wykorzystują tę umiejętność w nawigacji. Oddziaływanie pól elektromagnetycznych sieci telefonii komórkowej miałoby zaburzać tę umiejętność i powodować, że pszczoły tracą orientację i gubią drogę do domu. Nie udało się jednak na razie potwierdzić, że jest tak w istocie.
Wydaje się jednak, że odnaleziono wreszcie głównego sprawcę CCD. W najnowszym wydaniu czasopisma „Science” ukazały się artykuły, relacjonujące wyniki dwóch niezależnych badań fenomenu masowego wymierania owadów-zapylaczy. Pierwsze przeprowadzono we Francji, drugie w Szkocji. Dotyczą pszczoły miodnej i trzmieli. W obu wypadkach za główne źródło wymierania pszczół uznano zatrucie powszechnie stosowanymi pestycydami z grupy neonikotynidów (są to związki zawierające wolną nikotynę), które masowo wprowadzono do ochrony upraw na świecie w latach 90. XX w.
Naukowcy nie wiedzieli dotąd dokładnie, w jaki sposób pestycydy te szkodzą owadom. Teraz już wiedzą.