Śledzenie historii homoseksualizmu to zadanie karkołomne, bo było to zjawisko marginalne albo objęte tabu. Współcześnie dysponujemy więc jedynie plotkami, aluzjami i wzmiankami o znanych osobach o takiej orientacji. To też zjawisko, które nie pozostawia wiele śladów materialnych, dlatego nie mamy pojęcia, jaki stosunek do niego mieli nasi przodkowie w pradziejach. Można jedynie przypuszczać, że dwaj żyjący ze sobą w odosobnieniu paleolityczni łowcy-zbieracze nikogo nie dziwili i że nikt nie miał nic przeciwko ich fizycznej bliskości. Związki jednopłciowe mogły zacząć być poddawane ocenie, gdy ludzie zamieszkali na stałe w większych grupach, by uprawiać ziemię. Wtedy bowiem pojawiła się potrzeba, by swojego majątku bronić oraz go dziedziczyć, co było przywilejem tylko biologicznych i legalnych potomków. Orientacja miała kluczową rolę także w kontekście władzy. Mężczyźni, którzy nie płodzili dzieci, tracili atut, który decydował o ich wysokim statusie, chyba że udało się im zdobyć jakąś szczególną pozycję w społeczności: wybitnego wojownika, lekarza, szamana, kapłana czy mędrca.
W mitach różnych kultur i cywilizacji pojawiają się pary boskich gejów. Można to potraktować jako dowód na to, że bogom wolno było wszystko, ale może był to sposób „oswojenia” zjawiska. Wiele kultur tworzyło dla osób homoseksualnych specjalne instytucje społeczne, w których się odnajdowali, co pewnie było wyrazem przekonania, że i oni mają jakąś rolę do odegrania.
W zamieszkującym Florydę plemieniu Timucua szczególnym szacunkiem cieszyli się hermafrodyci. U Indian z Wielkich Równin istnieli winkte, którzy – jak wierzono – urodzili się z duszą kobiecą i męską, dlatego mogli przyjmować role społeczne niezgodne z ich płcią biologiczną, żeniąc się nawet z przedstawicielami tej samej płci.