Rozciągnięty kraj. Encyklopedie opisują Japonię jako archipelag ponad 6800 wysp rozciągających się wzdłuż północno-wschodnich wybrzeży Azji. Mają one w sumie 378 tys. km kw. powierzchni i mieszka na nich obecnie 127 mln osób. Północny kraniec wyspy Hokkaido, przylądek Sōya, jest położony zaledwie 42 km od Sachalinu. W południowo-zachodnim zakątku terytorium kraju znajduje się wyspa Yonaguni, oddalona od Sōya o 2900 km, ale zaledwie o 110 km od Tajwanu. Przemieszczając się stąd ponad 3 tys. km na wschód, dotrzemy na Minami Torishimę, najdalej wysuniętą na Pacyfiku wyspę Japonii, należącą formalnie do miasta Tokio, oddalonego z kolei od niej, bagatela, o 1800 km.
Można powiedzieć, że skrajne punkty na mapie kraju to ciekawostki geograficzne niemające wpływu na życie większości Japończyków. Jednak to rozciągnięcie terytorium – w mniejszej, lecz wciąż znaczącej skali – dotyczy także czterech wysp głównych, które składają się na ok. 97 proc. powierzchni kraju. Hokkaido, Honsiu, Sikoku i Kiusiu, otoczone przez morza Ochockie, Japońskie i Wschodniochińskie, tworzą łańcuch przypominający łuk napięty w kierunku Pacyfiku. Skrajnie położone duże miasta – Sapporo na Hokkaido i Kagoshimę na Kiusiu – dzieli ok. 1600 km, co odpowiada odległości między np. Suwałkami a Niceą.
Przez pięć klimatów. Ze względu na południkowe rozciągnięcie Japonia leży w kilku strefach klimatycznych. Na Hokkaido dominuje wilgotny klimat kontynentalny – o ciepłych latach i niezwykle śnieżnych zimach. Północna część Honsiu cieszy się gorącymi latami; z kolei jej pozostała część, jak również Sikoku i Kiusiu oraz większość wysp prefektury Okinawa, są pod wpływem wilgotnego klimatu podzwrotnikowego. Na samym południu archipelagu Riukiu panuje klimat zwrotnikowy lasów deszczowych, a na Wyspach Ogasawara na Pacyfiku – typowy dla sawann.