O zwrocie mienia decyduje się w trzech czteroosobowych zespołach orzekających – w każdym z nich dwie osoby, wyznaczone przez Episkopat, reprezentują Kościół, a dwie rząd. Orzeczenia są ostateczne, a werdykty zapadają niejawnie.
Kościół mógł zgłaszać swoje roszczenia do końca 1992 r. Wpłynęły 3063 wnioski, które powinny być rozstrzygnięte najpóźniej w ciągu 6 miesięcy. Sprawy sporne miały trafić do sądu. W praktyce komisja działa już 20 lat, a do rozstrzygnięcia zostało jeszcze 250 roszczeń.
W styczniu 2009 r. grupa posłów złożyła skargę do Trybunału Konstytucyjnego, twierdząc, że przepisy o Komisji Majątkowej są sprzeczne z konstytucyjną zasadą równości wobec prawa, równouprawnienia wyznań, ochrony własności, niezależności samorządu terytorialnego oraz z prawem do rzetelnego procesu sądowego. Trybunał do tej pory nie rozpatrzył tej skargi.
Nie wiadomo, ile dokładnie gruntów Kościół już przejął. Według szacunków odzyskał on od 1989 r. ok. 160 tys. ha.