Sprawa przeciw Małkowskiemu zaczęła się w lutym 2008 r. od doniesienia jego własnej sekretarki, że dwa lata wcześniej została zgwałcona przez prezydenta miasta i wielokrotnie była przez niego wykorzystywana seksualnie.
Wkrótce poskarżyły się na stosowanie przez niego mobbingu o podłożu seksualnym dwie inne kobiety. Śledztwo prowadzi prokuratura w Białymstoku. Wszystkie dowody już zebrano: zeznania pokrzywdzonych kobiet i świadków, ekspertyzy lekarskie, nagrania filmowe (wykonane z telefonu komórkowego) i fotografie. Ale w grudniu 2009 r. postępowanie zawieszono do czasu, aż biegli z Krakowa wydadzą opinię psychologiczną i seksuologiczną o podejrzanym.
Małkowski początkowo wszystkiemu zaprzeczał. W kwietniu 2008 r. przyznał, że współżył z jedną z obciążających go kobiet – ale za obopólną zgodą. Do dzisiaj potwierdza tylko tę wersję.