Zadanie, przed którym stoi BepiColombo, jest bardzo ambitne i trudne. Merkury jest małą planetą – mniejszą od największego księżyca Jowisza, czyli Ganimedesa, i największego księżyca Saturna, czyli Tytana – jednak pełną zagadek. Jest najmniej rozpoznana, bo jej obserwacje z Ziemi są mocno utrudnione z powodu bliskiego sąsiedztwa Słońca. Planetę odwiedziły już dwie amerykańskie sondy badawcze: Mariner w latach 1974–75 i MESSENGER, który orbitował wokół Merkurego od 2008 do 2015 r. Ta druga misja, zakończona kolizją z planetą, dostarczyła sporo wiedzy na jej temat, ale też uzyskane wyniki obserwacji postawiły przed badaczami Układu Słonecznego wiele nowych pytań.
Po pierwsze, wciąż nie wiadomo, jak Merkury powstał. W innych układach planetarnych wokół macierzystych gwiazd zwykle orbituje blisko, a nawet bardzo blisko, wiele planet. W naszym Układzie jest tylko Merkury, który i tak znajduje się na orbicie dość od Słońca oddalonej. Po drugie – ta niewielka planeta ma własne trwałe pole magnetyczne, co nie jest w Układzie Słonecznym regułą. MESSENGER zidentyfikował na planecie wiele punktów o szczególnie wzmożonym magnetyzmie – dlaczego akurat w nich jest on tak silny? I jest jeszcze bardzo ciemna powierzchnia Merkurego, który odbija istotnie mniej promieniowania słonecznego niż na przykład Księżyc, a przecież podobnie jak Srebrny Glob też nie ma atmosfery, jest za to znacznie bliższy Słońca. Prawdopodobną przyczyną są ogromne obszary grafitu pokrywające znaczną część powierzchni planety, a grafit doskonale absorbuje światło. Skąd ten grafit się wziął?
MESSENGER odnalazł też ślady lodu wodnego, który zalega na obu biegunach Merkurego, co zdumiało wielu badaczy nieba. Jakim sposobem lód wodny może się znajdować na planecie, na której oświetlonej półkuli panuje temperatura ponad 400 st.