Dokładnie 31 grudnia 2019 r. władze Chin poinformowały Światową Organizację Zdrowia o stwierdzeniu przypadków zapalenia płuc o nieznanej etiologii w mieście Wuhan. Dziesięć dni później chińscy naukowcy opublikowali sekwencję całego genomu czynnika sprawczego – betakoronawirusa. Międzynarodowy Komitet Taksonomii Wirusów sklasyfikował go później do podrodzaju Sarbecovirus i nazwał SARS-CoV-2.
Porównawcze badania molekularne SARS-CoV-2 z innymi betakoronawirusami wskazały na dwie możliwe drogi jego międzygatunkowej transmisji. Jedna zakłada bezpośrednią transmisję od nietoperzy i długi czas adaptacji do nowego gospodarza, gdy nie musiały występować jakieś niepokojące objawy kliniczne. Druga wskazuje na ewentualne ogniwo pośrednie między nietoperzem a człowiekiem. Sugeruje się, że mógł nim być pangolin, lądowy ssak intensywnie odławiany w niektórych miejscach na świecie.
Francja: SARS-CoV-2 zakażał już w grudniu 2019
Wszystko wskazuje jednak na to, że wirus cyrkulował w populacji człowieka znacznie wcześniej. W maju 2020 r. francuscy naukowcy opublikowali w „International Journal of Antimicrobial Agents” pracę opisującą wyniki analizy zamrożonych w –80 st. C próbek pobranych od grudnia 2019 r. do stycznia 2020 z jamy nosowo-gardłowej od pacjentów szpitala Jean-Verdier. Obserwowano u nich objawy takie jak gorączka, kaszel, ból gardła i mięśni.