Kilian odszedł sam, ale problemy polskiej energetyki pozostały. Kiedy wiosną 2012 roku wygrał konkurs na stanowisko prezesa PGE, dla wszystkich było jasne, że za tym konkursowym sukcesem krył się premier Tusk.
Prywatnie byli od dawna przyjaciółmi, Kilian wspierał Tuska jako nieformalny doradca w sprawach gospodarczych. Premier liczył, że ze swoimi menedżerskimi talentami Kilian szybko rozwiąże największe bolączki polskiej energetyki. Ruszy budowa elektrowni Opole II, a projekt przyszłej elektrowni jądrowej nabierze realnych kształtów. Okazało się to nie takie proste. Kilian szybko się zorientował, że polityczne projekty trudno będzie zamienić w biznesowe przedsięwzięcia.
Dziś energetyka – nie tylko polska - stanęła na rozdrożu. Jak inwestować, kiedy nie wiadomo na jakich ekonomicznych zasadach nowe inwestycje będą działały? Jak inwestować w elektrownie węglowe, kiedy nie wiadomo, ile trzeba będzie zapłacić za uprawnienia do emisji CO2? Czy w 2018 r. (kiedy Opole II ma ruszyć) energię da się opłacalnie sprzedać, skoro absolutne pierwszeństwo w dostępie do rynku ma i mieć będzie energia z subsydiowanych źródeł odnawialnych? Jak przekonać do tak niepewnego biznesu banki?
Mechanizmy rządzące energetyką są bardzo skomplikowane nawet dla ekonomistów, a co dopiero dla polityków. Oni nie chcą zawracać tym sobie głowy. Dla nich liczą się konkrety: wielkie inwestycje, które mają rozkręcić gospodarkę, a nie dzielenie włosa na czworo. Dlatego przyjaźń Tuska i Kiliana stawała się coraz bardziej szorstka. Prezes mnożył problemy naciskając, by państwo stworzyło mechanizmy zapewniające PGE możliwość bezpiecznej realizacji inwestycji. Chodziło tu o stworzenie tzw. rynku mocy: państwo gwarantuje opłacalność nowych instalacji, zapewniając, że jeśli rynkowe ceny energii będą nieopłacalne, wyrówna różnicę .
Tusk był coraz bardziej zirytowany tymi ekonomicznymi wykładami Kiliana. Z jego punktu widzenia prezes strzelał fochy i trzeba go było utemperować. Tym zadaniem gorliwie zajął się nowy minister skarbu Włodzimierz Karpiński. Wymienił radę nadzorczą PGE, która natychmiast weszła w konflikt z zarządem PGE. Jeden członek zarządu sam zrejterował, dwójka – z dość ogólnikowych powodów -została odwołana.
Kilian został praktycznie sam, a kiedy rada nadzorcza oddelegowała dwóch swoich członków na kluczowe stanowiska w zarządzie uznał, że pod taką policyjną kontrolą dalsza praca nie ma sensu. Zwłaszcza, że musiałby za chwilę podpisać się pod decyzją o budowie Opola II (do 15 grudnia), a tego robić nie chciał. Więc złożył dymisję. Minister Karpiński musi teraz znaleźć następcę, który taki podpis złoży. Problem Kiliana został rozwiązany, ale problemy energetyki pozostały.