Cerkiew mogła działać legalnie tylko podczas II wojny światowej i kilka lat po niej, z osobistego rozkazu Stalina, który wykorzystał Kościół do walki z nazistowskimi Niemcami. Ponowne prześladowania spadły na prawosławie za Nikity Chruszczowa i po dojściu do władzy Leonida Breżniewa, który próbował przekształcić Cerkiew w dekoracyjną instytucję publicznie demonstrowanego pluralizmu i uczestnika finansowanego przez ZSRR ruchu pokojowego. Niemniej wielu biskupów i duchownych współpracę z władzami uznało za niezbędny warunek przetrwania. To oni stali się siłą napędową odnowy Kościoła. Za pontyfikatu patriarchy Aleksego II (1990–2008) nastąpiło odrodzenie wspólnot cerkiewnych, klasztorów i seminariów, w 2008 r. Cerkiew prawosławna w Rosji miała 30 tys. parafii, 157 diecezji, 804 klasztory, 203 biskupów i ponad 30 tys. duchownych. Następca Aleksego patriarcha Cyryl I (rozpoczął misję 1 lutego 2009 r.) zainicjował proces aggiornamento Cerkwi, przystosowania do współczesności. Niełatwo układają się stosunki między Kościołem a rządem – Cerkiew zachowuje szczególną rolę, często stając się moralnym filarem władzy.
Jedna czwarta Rosjan chce, aby prawosławie było w Rosji religią państwową. Przynależność do Cerkwi deklaruje 59 proc. mieszkańców kraju, około 26 proc. uważa się za niewierzących, 2 proc. należy do innych wspólnot chrześcijańskich, 6 proc. to muzułmanie, 2 proc. reprezentuje inne religie, a 5 proc. nie potrafi określić swej konfesji. Z ustaleń centrum badań socjologicznych FOM z 2008 r. wynika, że rosyjscy prawosławni nie praktykują żarliwie. Ledwie co 10 wierny pojawia się w cerkwi przynajmniej raz w miesiącu, co trzeci nigdy się nie modli, 60 proc. nigdy nie czyta tekstów biblijnych, tylko 7 proc. przestrzega nakazów Wielkiego Postu, jedynie 2 proc. pości też w inne dni nakazane, w tym w środy i piątki. Rosjanie darzą Cerkiew dużym zaufaniem, ufa jej 62 proc. społeczeństwa.