W Instytucie słowem najczęściej używanym jest „apolityczność”, co może dziwić, bo w ostatnich latach nie było instytucji publicznej równie politycznej, której powołaniu towarzyszyłyby tak wielkie polityczne emocje.
– Im o nas będzie ciszej, tym lepiej – to dewiza prezesa prof. Leona Kieresa, który dobrze zapamiętał słowa prof. Darii Nałęcz, dyrektora Archiwów Państwowych: albo przejdzie pan do historii, albo będzie to wielki upadek. Prof. Kieres mniej jednak myśli o historii, a bardziej o tym, by – na ile się da – ochronić IPN przed przekształceniem w oręż politycznej walki. Tak więc konieczność nominacji wedle politycznego klucza przyjął do wiadomości jedynie w przypadku wiceprezesów, choć też nie godzi się na każdego, którego podsuwają partie (swoje miejsca do obsadzenia dostały: AWS, PSL i UW). Sam odbywa rozmowy z kandydatami, zbiera o nich opinie, a dla prokuratorów zatrudnianych w Głównej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu przewidziano kwalifikację czteroetapową z konkursem włącznie. Prof. Kieres nie przyjmuje też do wiadomości, że potrzebny jest jakiś specjalny pośpiech w udostępnieniu teczek. Wszystko w swoim czasie.
Mimo tych wszystkich zabezpieczeń IPN rozpoczął pracę nie bez wpadek. Prof. Witold Kulesza natychmiast po otrzymaniu nominacji na dyrektora Głównej Komisji oznajmił, że sprawą priorytetową będzie dla niego ekstradycja ze Szwecji Stefana Michnika (przyrodniego brata Adama Michnika), podejrzanego o popełnienie zbrodni sądowej. Pojawiła się także informacja, że IPN rozpoczyna własne, polskie śledztwo w sprawie zbrodni katyńskiej, co było o tyle zdumiewające, że gdy kilka lat temu Jan Piątkowski, minister sprawiedliwości w rządzie Hanny Suchockiej, wystąpił z takim pomysłem, nikt z prawników nie potraktował sprawy poważnie i uznano ją za przejaw politycznego awanturnictwa.