Wiele osób ostrzegało, że ekshumacja zwłok generała Władysława Sikorskiego nie przyniesie rozwikłania tajemnicy jego śmierci, przyniesie za to kłopoty. Wygląda na to, że mieli rację. Obecnie generał Sikorski w nowym mundurze i nowej trumnie ponownie spoczął w grobie, zaś krakowski oddział IPN pozostał ze starą trumną oraz pytaniem: co z nią zrobić?
W IPN nie wiedzą, czy trumnę po generale mają traktować jak zwykły materiał do badań w śledztwie, który po wykorzystaniu niszczy się, czy też potraktować ją jakoś specjalnie (a jeśli tak, to jak?). Co więcej, krakowski IPN nie bardzo wie, jakich właściwie dowodów oraz w jakiej sprawie może ta trumna dostarczyć, gdyż pochodzi z 1993 r. (przedtem szczątki Naczelnego Wodza przez lata znajdowały się w metalowej skrzyni).
Media donoszą, że sprawa trumny zaniepokoiła krakowską kurię. W kwestii przyszłości trumny ksiądz kardynał Stanisław Dziwisz spotkał się już z prezesem IPN Januszem Kurtyką. W trakcie spotkania prezes przybliżył kardynałowi szczegóły zamiany trumien, kardynał zaś wyraził zdziwienie, gdyż wydając zgodę na ekshumację generała, zgodził się na wymianę munduru, ale o wymianie trumny nie było mowy.
Obecnie nie wiadomo, jak zagospodarować cenną trumnę. Ponieważ nie może ona służyć jako dowód w sprawie śmierci generała Sikorskiego, pojawiają się głosy, aby użyć jej jako dowodu w jakimś innym prowadzonym przez IPN ważnym śledztwie, w którym dowodów jak raz brakuje. W ostateczności można poddać wnikliwemu śledztwu samą trumnę, aby ustalić, z jakiego drewna została wykonana i z jakiego rejonu kraju drewno to pochodzi. W przyszłości w rejonie tym można by za unijne pieniądze utworzyć sanktuarium trumny generała Sikorskiego, co pozwoliłoby zaktywizować rejon turystycznie dzięki pielgrzymkom autokarowym i organizowanym w ramach lekcji historii wycieczkom szkolnym.