Wyprawy krzyżowe położyły kres epoce względnego spokoju między Żydami i chrześcijanami. Już pierwsza krucjata w 1096 r., ogłoszona przez papieża Urbana II w celu oswobodzenia Grobu Pańskiego i Ziemi Świętej spod panowania islamu, pochłonęła tysiące istnień żydowskich. Krzyżowcy grabili i mordowali Żydów napotkanych na szlaku wyprawy, odmawiających porzucenia swej wiary i przyjęcia chrztu. Podobnie było podczas kolejnych wypraw w XII w. Atakowano Żydów we Francji, Niemczech i Anglii. Tło pogromów było nie tylko religijne, ale i ekonomiczne (art. s. 40). Łatwo było podburzyć motłoch do zamieszek, bo stwarzały okazję rabunku i zabicia wierzycieli.
Jednak wśród powodów nienawiści do Żydów chrześcijański fanatyzm religijny wysuwał się w średniowiecznej Europie na plan pierwszy. Sztuka kościelna pełna jest negatywnych wizerunków Żydów. Są przedstawiani jako wcielenie wszelkiego zła i grzechu i na obrazach, i w misteriach, czyli popularnych widowiskach dla mas. Wynalazek druku posłużył m.in. do upowszechniania antyżydowskich rycin. Wędrujący po Europie dominikanie i franciszkanie głosili niechętne Żydom kazania. Tak tworzył się grunt pod antyżydowską histerię: mnożyły się oskarżenia o mordy rytualne na dzieciach chrześcijańskich (jedno z pierwszych odnotowanych w annałach miało miejsce w angielskim Norwich w 1144 r.), a także o zatruwanie studni i źródeł. W dobie dżumy miało to dla Żydów tragiczne skutki. Choć Czarna Śmierć zbierała żniwo zarówno wśród Żydów, jak i chrześcijan, wyznawców judaizmu oskarżano o wywołanie zarazy. W XIV w. po Francji krążyły pogłoski o rzekomym przymierzu Żydów z zadżumionymi, iberyjskimi muzułmanami i samym diabłem w celu unicestwienia chrześcijaństwa.
Próby części dostojników Kościoła (np. papieża Klemensa VI), by przeciwdziałać tym fałszywym oskarżeniom, spełzły na niczym.