Sytuacja polskich apostatów przypominała do tej pory błędne koło. Składali u proboszcza oświadczenia o wystąpieniu z Kościoła katolickiego z prośbą o odnotowanie tego faktu w księgach kościelnych. Żadną miarą jednak nie mieli możliwości sprawdzić, czy tak się stało, czy Kościół nie przetwarza nadal ich danych osobowych, nie liczy do kościelnych statystyk. A bezpośrednim impulsem do złożenia apostazji bywa właśnie fakt, że „katolicka większość” jest używana jako argument w sporach politycznych. Składali skargi do Generalnego Inspektora Ochrony Danych Osobowych, powołując się m.in. na prawo do „informacyjnego samookreślenia”, traktat lizboński i Kartę Praw Podstawowych UE. Takich skarg wpłynęło do GIODO ponad 80. Ten odmawiał interwencji, twierdząc, że ustawa nie daje mu prawa do kontroli danych zbieranych przez policję, służby, Kościoły i związki wyznaniowe.
Sprawy trafiały do Wojewódzkich Sądów Administracyjnych, a te podzielały stanowisko GIODO. Dopiero wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego to zmienił. NSA uznał, że Kościoły są autonomiczne, jeśli chodzi o własnych członków, ale suwerenne państwo ma obowiązek chronić dane osób, które z Kościoła wystąpiły. Co więcej, stwierdził, że GIODO ma prawo wchodzić do instytucji kościelnych, by sprawdzać zasadność skarg apostatów. Uchylił wyroki Wojewódzkich Sądów Administracyjnych i skierował sprawy do ponownego rozpoznania. Pierwszy taki wyrok zapadł właśnie w warszawskim WSA. Tym razem korzystny dla apostatów. GIODO jest zobowiązany rozpatrzyć skargę obywatela.
Jednak podczas rozprawy radca prawny GIODO Piotr Wójcik twierdził, że o tym, kto jest, a kto nie jest katolikiem, powinno decydować prawo kościelne, tak jak o wystąpieniu z partii czy stowarzyszenia decydują wewnętrzne przepisy tych instytucji.