Wieloletni dyrektor Biura Edukacji IPN prof. Paweł Machcewicz określił warsztat badawczy Marka Jana Chodakiewicza jako kuriozalny. O wcześniejszej pracy tegoż autora „Jedwabne, July 10. 1941: Before, During and After” Joanna B. Michlic, w naukowym roczniku „Zagłada Żydów. Studia i Materiały” nr 3, napisała: „Machcewicz wytknął Chodakiewiczowi szkolne wręcz błędy metodologiczne, polegające m.in. na zupełnie dowolnym i niedopuszczalnym mieszaniu informacji źródłowych, pochodzących z dokumentów wytworzonych przez działające po wojnie instytucje polityczne i rozmaitych zapisów wspomnieniowych, najczęściej powstałych wiele lat po wojnie, pisanych z aż nadto widoczną intencją polityczną”. Te ostatnie nazwał dosadnie „śmieciami”.
Cytowane przez Chodakiewicza źródła są różnej wartości. Czasem – jak w przypadku Białostocczyzny i Rzeszowszczyzny – widać, że autor do ważnych kolekcji archiwalnych dotarł sam, znacznie częściej jednak są to wyrwane z szerszego kontekstu bądź po prostu streszczone fragmenty wspomnień uratowanych Żydów lub byłych polskich członków antykomunistycznego podziemia. Autor nie bada wiarygodności tych przekazów, a rozbudowane często ponad miarę przypisy służą ukryciu jego bezradności wobec bardzo złożonej problematyki.
Bałagan z bazą źródłową w książce aspirującej do tytułu rozprawy naukowej jest jednym z powodów, by domniemywać, że autor prezentuje czytelnikom swój światopogląd polityczny, a nie udokumentowany sąd o powojennej rzeczywistości. Już w pierwszym zdaniu wstępu Chodakiewicz pisze: „istnieje tendencja, by uznawać, że Żydzi, którzy zginęli w Polsce po przybyciu armii sowieckiej latem 1944 r., padli w taki czy inny sposób ofiarą powszechnego polskiego antysemityzmu”.