Takim tonem o Radiu Maryja dostojnicy kościelni jeszcze nie pisali w oficjalnych dokumentach. Nuncjusz abp Józef Kowalczyk skierował dwa listy w sprawie upolitycznienia mediów ojca dyrektora – jeden do przewodniczącego Episkopatu abp. Józefa Michalika, drugi do przełożonego ks. Rydzyka, prowincjała redemptorystów w Polsce ojca Zdzisława Klafki. W liście do Klafki Kowalczyk napisał: „Stolica Apostolska wyraża swoje poważne zastrzeżenia w odniesieniu do zaangażowania się, zwłaszcza w ostatnim czasie, »Radia Maryja« i związanych z nim innych środków społecznego przekazu, w sferę ściśle polityczną. Proszę potraktować treść całej tej korespondencji [załącznikiem jest list nuncjusza do abp. Michalika – red.] również jako poważne ostrzeżenie i zaproszenie Księdza Prowincjała do podjęcia zdecydowanych i skutecznych działań w zakresie swojego urzędu”.
Czego po imieniu jak dotąd nie był w stanie nazwać Episkopat w Polsce, nazwał ambasador Watykanu. To wielki krok naprzód, choć i bolesny uszczerbek na autorytecie Konferencji Biskupów, bo pośrednio nuncjusz swą interwencją dał do zrozumienia, że bierność polskiego Episkopatu zaczyna niepokoić Kurię Rzymską i to na kilka tygodni przed wizytą Benedykta XVI w naszym kraju.
Takiego sygnału niezadowolenia Watykanu Kościół w Polsce nie może zlekceważyć. Ma on pod ręką wszystkie niezbędne środki działania, o które apeluje nuncjusz, brak tylko – bagatela – woli naprawy. Jest tajemnicą poliszynela, że spora część hierarchów sympatyzuje politycznie z ks. Rydzykiem. Teraz jednak sytuacja się dramatycznie zmienia: zignorowanie listów Kowalczyka byłoby jawną niesubordynacją wobec Watykanu, co w relacjach wewnątrzkościelnych jest nie do pomyślenia.