Prezes PiS Jarosław Kaczyński zaalarmował, że prokuratura i służby specjalne nękają dziennikarzy „Gazety Polskiej”. Według niego ta krytyczna wobec rządu gazeta jest zastraszana. Z kolei rzecznik klubu PiS wymienił trzy śledztwa o ujawnienie tajemnicy państwowej prowadzone w związku z publikacjami „Gazety Polskiej”. Obaj nie wspomnieli jednak o śledztwie, którego skutki mogą dla „GP” okazać się najgroźniejsze. Prokuratura Rejonowa Warszawa Ochota 26 października 2009 r. wszczęła dochodzenie w sprawie działania na szkodę Niezależnego Wydawnictwa Polskiego Sp. z o.o. przez prokurenta tej spółki, który naraził ją na znaczną szkodę majątkową.
Tym prokurentem był redaktor naczelny „GP” Tomasz Sakiewicz, a zawiadomienie do prokuratury złożył były prezes spółki NWP i jej największy udziałowiec Janusz Miernicki. Od maja 2009 r. kontestuje on jako nielegalne odwołanie go z funkcji prezesa i członka zarządu. Twierdzi, że Sakiewicz przekraczając swoje uprawnienia zawarł niekorzystne dla spółki zobowiązania. Owocem tych decyzji jest wzrost zadłużenia firmy wobec drukarni (ok. 900 tys. zł), niespłacone kredyty bankowe i próba zaciągnięcia nowego kredytu w wysokości ponad 600 tys. zł pod zastaw jedynej nieruchomości posiadanej przez spółkę, czyli mieszkania spółdzielczego własnościowego. Miernicki powiadomił nie tylko prokuraturę, ale też oddział SKOK w Wołominie, do którego Tomasz Sakiewicz zwrócił się o kredyt. Udzielenie kredytu, jak uważa Janusz Miernicki, przyczyni się do upadłości NWP Sp. z o.o.
Śledztwa w sprawie działania na szkodę własnej spółki podjętego przez prokuraturę nawet przy najgorszej woli nie można uznać za element zastraszania niezależnych dziennikarzy.