Początki stosunków polsko-litewskich po 1990 r. były trudne. Pierwsze przyjacielskie kontakty i deklaracje polityków wywodzących się z Sajudisu i Solidarności ustąpiły szybko miejsca narastającej po obu stronach nieufności. Strona litewska podejrzewała polską, że ta, wbrew oficjalnym zapewnieniom, cichaczem wspiera autonomiczne dążenia liderów społeczności polskiej. Sama zaś w obronie litewskości Litwy Wschodniej (czyli Wileńszczyzny) popełniała wobec tej społeczności jedną niezręczność za drugą.
To kwestionowano w polskojęzycznych gazetach polskie nazewnictwo litewskich miast, domagając się, aby łamiąc reguły języka polskiego zamiast „Wilno” pisać „Vilnius” (gazeta codzienna „Kurier Wileński” miałby więc mieć tytuł „Kurier Vilniuski”), to znów próbowano zaprzestać retransmisji programu telewizji polskiej. Czyniono również, pod różnymi pozorami, przeszkody w rejestracji organizacji mniejszości polskiej. Często były to nawet nie inicjatywy władz, ale nadgorliwość i głupota różnych urzędników, którzy tak właśnie rozumieli swój patriotyzm i służbę litewskiej ojczyźnie. Zwykle po interwencjach (czasem prośbach i perswazjach, czasem protestach i awanturach) polskiej ambasady z pomysłów tych wycofywano się, organizacje rejestrowano, niemniej tak na miejscu wśród społeczności polskiej jak i w Warszawie rodziła się nieufność i przekonanie, że Litwa chce pozbawić mniejszość polską należnych jej praw i w konsekwencji zlituanizować.
Stosunki polsko-litewskie sięgnęły dna, gdy złożone w większości z Polaków, kierowane przez prosowieckich liderów rady rejonowe wileńska i solecznicka, korzystając z puczu Janajewa w Moskwie w 1991 r.