Wyznała tygodnikowi „Ozon”, że popiera zapłodnienie metodą in vitro. Dodała co prawda, że szczególne nadzieje wiąże z najnowszymi, zachodnimi metodami, które rozwiązują etycznie trudny problem eliminacji dodatkowych zarodków. Jednak na gromy – w Radiu Maryja, Telewizji Trwam, „Naszym Dzienniku” – nie trzeba było długo czekać. W dniu, w którym Joanna Kluzik-Rostkowska miała odebrać półoficjalnie ogłoszoną już nominację, „Nasz Dziennik” określił jej poglądy jako dyskwalifikujące. Nominacja została wstrzymana.
Rozwój awantury obserwowano w Polsce niczym sportową potyczkę. Wykpi się PiS czy też nie wykpi ze spłaty politycznych długów zaciągniętych u katolickiej ultraprawicy? Wszak listy protestu przeciwko powołaniu Joanny Kluzik-Rostkowskiej, które ukazały się na łamach „Nowego Dziennika”, podpisali posłowie Ligi Polskich Rodzin, którzy kilka dni wcześniej głosowali za wotum zaufania dla rządu.
Spór stał się ważnym testem politycznym, a i sprawą honoru, tak dla braci Kaczyńskich, jak i dla premiera Marcinkiewicza. Nie jest tajemnicą, że premier niejako otrzymał Joannę Kluzik-Rostkowską w prezencie od Lecha Kaczyńskiego, z którym współpracowała ona w warszawskim ratuszu. Wyrażają się o sobie wzajemnie jak najlepiej, toteż wróżono, że pani Kluzik znajdzie się w stefie ważnych figur w Pałacu Prezydenckim. Z Marcinkiewiczem poznała się w cztery dni po tym, jak ogłosił on likwidację urzędu pełnomocnika rządu do spraw równego statusu kobiet i mężczyzn. Przedstawił jej propozycję objęcia nowo tworzonej funkcji w MPiPS. Zrobił na niej dobre wrażenie, przede wszystkim jako człowiek, który potrafi słuchać.
Po „invitrowym” ataku premier Marcinkiewicz miał do wyboru: złożyć głowę niedoszłej pełnomocniczki w ofierze – na dowód ideowej jedności z parlamentarnymi sojusznikami i znaleźć się w sytuacji dla siebie komfortowej (związany jest przecież ze środowiskami konserwatywnymi) – albo dowodzić swej suwerenności.