Major SS Alois Brunner był od grudnia 1942 r. prawą ręką Adolfa Eichmanna. Zaczynał od organizacji żydowskiej Służby Porządkowej w Berlinie, która nadzorowała deportację tamtejszych Żydów do gett i obozów śmierci na Wschodzie. Ze swego zadania wywiązał się tak dobrze, że wkrótce, w lutym 1943 r., Eichmann zlecił mu pierwsze samodzielne zadanie: wraz z innym esesmanem Dieterem Wislicenym, miał zorganizować wysłanie do obozów zagłady Żydów z Salonik. Deportacje zaczęły się w miesiąc po ich przybyciu i trwały trzy miesiące. W tym czasie wywieziono do komór gazowych w Oświęcimiu 43 tys. ludzi.
Latem roku następnego Brunner działa na południu Francji, w dawnej strefie nieokupowanej. Organizuje łapanki i deportacje Żydów w Marsylii i Lyonie. Bezpośrednio nadzoruje działalność francuskiej policji, interesuje się każdym szczegółem. Zadbał osobiście o to, by wywieziono 41 dzieci żydowskich z kolonii dziecięcej w Eyzieux. Wydał instrukcję, by dla zapobieżenia ucieczkom Żydów wiązać sznurem po dwóch.
Jesienią tego samego roku Eichmann kieruje Brunnera na Słowację, by tam ostatecznie rozwiązać kwestię żydowską. Organizuje tam deportację od października 1944 do marca 1945 r. 15,5 tys. ludzi do Oświęcimia. Jego działalność przerywa w końcu radziecka ofensywa, lecz jeszcze w marcu 1945 r. ma czas, by osobiście przesłuchiwać jednego z organizatorów żydowskiego podziemia, Arnolda Bumi. Inną słowacką działaczkę żydowską Gisi Fleischmann już w październiku 1944 r. na jego polecenie deportowano z zastrzeżeniem: Rueckkehr unerwunscht – powrót niepożądany. Została zagazowana w Oświęcimiu, podobnie jak większość 130 tys. jego ofiar.