Trzeba było dopiero interwencji rzecznika praw obywatelskich, by potwierdziły się zarzuty o niezgodności kluczowych rozwiązań ustawy o Instytucie Pamięci Narodowej z konstytucją. Chodzi o odmawianie dostępu do materiałów peerelowskich służb specjalnych tym osobom, które arbitralną wolą urzędników Instytutu nie zostały uznane za „pokrzywdzone”. Oznaczało to – jak orzekł Trybunał Konstytucyjny w pełnym składzie – naruszenie niektórych praw obywatelskich gwarantowanych ustawą zasadniczą. Chodzi m.in. o prawo do informacji (także o sobie samym) oraz do ochrony dobrego imienia – ludzie, którym IPN odmówił statusu pokrzywdzonych, a więc i możliwości wglądu do dotyczących ich akt, byli pozbawieni szansy obalenia podejrzeń.
Co równie ważne: Trybunał potwierdził, że ustalenia swojego statusu można domagać się przed sądem administracyjnym – i to także wtedy, gdy dowodem miałyby być akta wyłączone do tzw. tajnego archiwum IPN. To kolejny krok w rozszerzeniu sądowej kontroli nad IPN, który starał się dotąd sytuować poza obowiązującymi w państwie prawa procedurami. Dlatego wydawane przez siebie odmowy uznania za pokrzywdzonego Instytut uznawał za zaświadczenie, a nie za decyzję administracyjną – ta bowiem dawałaby możliwość skierowania sprawy do sądu ze wszystkimi tego konsekwencjami (w tym wglądem do teczek).
Instytut przyznał się przed Trybunałem i do innych zdumiewających praktyk. Okazało się choćby, że to, czy ktoś był tajnym współpracownikiem służb specjalnych PRL, było przez IPN oceniane w oparciu o pochodzącą z 1983 r. ustawę o MSW, a nie uchwaloną już w III RP ustawę lustracyjną. Tym samym pomijano wykładnię, wedle której o tym, czy ktoś był TW, decyduje nie tylko fakt podpisania zobowiązania bądź wpisania na listę agentów, ale też to, czy faktycznie doszło do współpracy.