Dariusz Libionka, który w IPN zajmował się relacjami polsko-żydowskimi, mówi: – Funkcjonowanie IPN pod Kurtyką oparte jest na strachu. Dlatego niedawno – nie on jeden zresztą – rzucił tę intratną posadę. Dziś kieruje działem naukowym Muzeum Obozu na Majdanku oraz redaguje ceniony w branży periodyk „Zagłada Żydów”. Opowiada, że kiedyś w Instytucie toczyły się żywe dyskusje: czym ma być IPN, jakie programy badawcze powinny mieć priorytet. Teraz o wszystkim decyduje prezes Kurtyka.
O ile też za pierwszego szefa prof. Leona Kieresa poszczególnymi pionami Instytutu kierowali bezpośrednio ich szefowie, to teraz ręcznie steruje nimi Kurtyka. – Wygląda na to, że dziś liczy się tylko zdanie prezesa. Obecny dyrektor Biura Edukacji IPN Jan Żaryn potrafi stwierdzić bez ogródek: wolę prezesa trzeba traktować jako polecenie. Zresztą szeregowi pracownicy nie mają z prezesem kontaktu. Kurtyka zgromadził wokół siebie nie tyle służalczy dwór, co wierny oddział – podsumowuje Libionka.
Na atmosferę wpływa i to, że pracownicy IPN mogą publicznie wypowiadać się jedynie na temat prowadzonych przez siebie badań.
Zasadnicze oceny Instytutu mają należeć tylko do jego kierownictwa, które nie toleruje wewnętrznej krytyki. Linia polityczno-historyczna Instytutu nie podlega kwestionowaniu, a nawet zadawaniu pytań. Pod tym względem IPN już zupełnie otwarcie nie przypomina żadnej normalnej placówki badawczej.
Faktycznym oparciem dla Janusza Kurtyki jest wąski krąg jego starych współpracowników jeszcze z czasów kierowania krakowskim oddziałem IPN. Do ekipy tej, nazywanej grupą krakowsko-rzeszowską, należy choćby prof. Ryszard Terlecki, niegdyś lider krakowskich hipisów (o pseudonimie Pies), potem – już od końca lat 60.