Ojcem Anny i Jakuba był Jakub II Stuart, który jeszcze przed objęciem tronu Anglii w 1685 r. zraził do siebie większość poddanych, porzucając religię państwową (anglikanizm) na rzecz katolicyzmu. Jako król demonstrował przekonanie, że mając prawo do nieograniczonej, bo z woli boskiej sprawowanej władzy monarszej i lekceważąc ustawy oraz odczucia większości poddanych, obsadzał kluczowe stanowiska katolikami. Poddani próbowali go przeczekać wierząc, że po nim zasiądzie na tronie jedna z jego córek z pierwszego małżeństwa, wychowanych na protestantki. Mało kto współczuł więc drugiej żonie Jakuba, Marii Beatrycze z Modeny, gdy jej kolejne dzieci umierały w kołysce. A kiedy 10 czerwca 1688 r. królowa urodziła zdrowego chłopczyka, zamiast eksplozji radości, Anglią zatrzęsły plotki o symulowanej ciąży i niemowlęciu przemyconym do królewskiej sypialni w podgrzewaczu do pościeli, aby umożliwić królowi odsunięcie córek od sukcesji.
Maria i Wilhelm na tronie, Jakub II na emigracji
Malec, ochrzczony Jakubem, miał cztery miesiące, kiedy poddani jego ojca wzięli sprawy w swoje ręce.