W przekazach misjonarzy. Kontakty przed nawiązaniem oficjalnych stosunków dwustronnych w 1919 r. były sporadyczne, a wiedza o kulturze japońskiej w Polsce i polskiej w Japonii bardzo ograniczona. Prawdopodobnie pierwsze wzmianki na ten temat zaczęły pojawiać się w XVI w. Piotr Skarga-Pawęski w „Żywotach świętych” (1579) wspominał o Japonii, opisując działalność jezuity Franciszka Ksawerego, pierwszego misjonarza chrześcijańskiego w Japonii (od 1549). W 1585 r. doszło do pierwszego spotkania Polaka z Japończykami. Wysłannik królewski Bernard Maciejowski wziął udział w audiencji u papieża Grzegorza XIII z czterema Japończykami (Itō Mancio, Chijiwa Miguel, Nakaura Juliao, Hara Martinho) w pierwszej w historii japońskiej misji chrześcijańskiej. Przez następne lata o Japonii w Polsce pisali głównie jezuici, oczywiście w kontekście misji zakonu i męczeńskiej śmierci misjonarzy, także Wojciecha Męcińskiego, którego Japończycy ukrzyżowali w Nagasaki w 1643 r.
To dzięki misjonarzom pojawiały się w Japonii informacje o Polsce. Jezuita Matteo Ricci w pracy o geografii świata, wydanej w Nagasaki w 1622 r., wspomniał o Polsce i jej miastach. W 1648 r. wydano tam mapy świata, a Polska zajmowała obszar od Morza Czarnego po Bałtyk. Dzięki misjonarzom Japończycy dowiedzieli się o Mikołaju Koperniku – jego książka o astronomii trafiła tu po uwięzieniu w 1643 r. jezuity portugalskiego, została przetłumaczona na język japoński i stała się podstawą do badań dla uczonych japońskich. Na początku XVIII w. konfucjanista Arai Hakuseki w pracy „Zapiski o Zachodzie” („Seiyō kibun”) wspomniał też o Polsce, jednym z najpotężniejszych wówczas krajów europejskich.
Naukowe badania i wojskowe raporty. Gdy Japonia otwarła swe granice w drugiej połowie XIX w.