Rządy nad sumieniami. Aby zatrzymać szerzącą się w Europie reformację, katoliccy hierarchowie obradujący na soborze trydenckim (1545–63) uznali, że muszą utrwalić rządy nad sumieniami swoich owieczek. Ze wszystkich narzędzi kontroli największą uwagę poświęcili spowiedzi. Władza duchownych, od których zależało rozgrzeszenie możnych tego świata, była wielka. Krążyły pogłoski, że posunięciami Zygmunta III Wazy sterował jego spowiednik, jezuita Bernard Gołyński, który dobierał królowi popleczników i przykładał rękę do zawieranych przez niego małżeństw. Spowiedników na dworach szlacheckich traktowano niemal jak członków rodziny. Udzielali porad w trudnych kwestiach (nie tylko natury duchowej) i rozwiązywali spory.
Znakomitą większość wiernych w Rzeczpospolitej Obojga Narodów stanowili jednak ludzie niskiego stanu. Głównie z myślą o nich Kościół wprowadził dwie zmiany, które nadały spowiedzi taki kształt, jaki znamy dzisiaj. Księża musieli porzucić wygodną, zbiorową spowiedź prostego ludu i zacząć spowiadać indywidualnie. Aby to ułatwić, sobór nakazał w każdym kościele zbudować konfesjonały. Przedtem spowiednicy po prostu zasiadali na kościelnych ławkach, a penitenci klęczeli u ich stóp. Dzięki innowacjom nawet najbiedniejsi mogli wyznać swoje grzechy, będąc sam na sam z duchownym, szczerze i bez skrępowania.
W krzyżowym ogniu pytań. W praktyce bywało znacznie trudniej. Żyjący w XVII w. paulin Grzegorz Terecki zauważył, że chłopi niechętnie wyznają grzechy ze względu na przytłoczenie ciężką pracą i pańskim nadzorem. Kapłani nie mieli wyboru – musieli odpytywać takich parafian, i to starając się dopasować pytania do ich poziomu intelektualnego. Jak wskazuje badacz chłopskiej religijności, historyk Tomasz Wiślicz, księża mogli zarzucić chłopom na przykład pijaństwo, opuszczanie mszy świętej, bójki, nieobyczajne tańce i nader swobodny stosunek do łamania szóstego przykazania.