Prezydenckim ministrem mianowano go w trudnym czasie. Żałoba narodowa, tłumy przed pałacem, krzyż. Wobec wyzwań stanął samotnie, bo jego szef najpierw prowadził kampanię wyborczą, a potem znikł ze sceny aż do momentu oficjalnego powołania na urząd prezydencki.
W tym czasie Michałowski, dotychczas cichy urzędnik z zaplecza, musiał wędrować przez prawdziwe pole minowe, każda podjęta przez niego decyzja groziła wybuchem. Zarzucano mu, że próbował ukraść krzyż i że ukradkiem, niegodnie, na jego polecenie powieszono tablicę pamiątkową. Sam występował na konferencjach prasowych, tłumaczył się ze wszystkiego, co zrobił i czego nie zrobił. Nadstawiał głowy za prezydenta. Kiedy wreszcie krzyż przeniesiono do kaplicy w pałacu, bał się, że tłum z Krakowskiego ruszy na kancelarię krzycząc: „Oddajcie krzyż”. Co by wtedy zrobił? Każdy, kto go zna, jest pewien: decyzji by nie zmienił. – Oskarżano mnie, że jestem niemoralny (bo objął stery w kancelarii, kiedy dymy w Smoleńsku jeszcze nie opadły), że jestem nieudolny (bo nie przeniósł krzyża 3 sierpnia) – mówi. – A na imprezie rodzinnej jeden z zapalczywych kuzynów nazwał mnie żydowskim pomiotem.
Dziennikarze też wyczuli łatwy cel. Oceniali: nie nadaje się, pyszałek, samozwaniec. Pytano, skąd się wziął i dlaczego to właśnie on stanął na czele tak ważnego urzędu? Odpowiedź była prosta: o przejęcie obowiązków szefa kancelarii poprosił go osobiście, zaraz po śmierci prezydenta Lecha Kaczyńskiego, marszałek Sejmu i zarazem p.o. prezydenta Bronisław Komorowski.
Znali się od lat. Komorowski cenił urzędnicze umiejętności Michałowskiego. Pamiętał, jak sprawnie w 1989 r.