Sprawa, mimo nacisków, nie zostanie umorzona. Oskarżeni, głównie członkowie komisji oraz reprezentujący interesy Kościoła Marek P., były oficer SB, staną przed sądem. Zostaną im postawione zarzuty działania na szkodę państwa, korupcji oraz poświadczania nieprawdy. To pierwszy i, najprawdopodobniej, jedyny sukces państwa w tej sprawie.
Komisja Majątkowa została powołana do życia w 1989 r. Miała przyznawać instytucjom kościelnym rekompensaty za mienie zagrabione w czasach PRL. Mimo że komisja działała przy MSWiA, przez kilkanaście lat jej działalności nikt nie podniósł zarzutu, że wahadło wychyliło się w drugą stronę i że KM działa na szkodę państwa. Ani tego, że w państwie prawa, jakim chciała być Polska po 1989 r., każdy werdykt, nawet Komisji Majątkowej, powinien być zaskarżalny. Od decyzji KM odwołania jednak nie było. W sumie Kościołowi przekazano ponad 65,5 tys. ha.
Dopiero przez ostatnie kilka lat media zaczęły zarzucać Komisji Majątkowej bardzo poważne nieprawidłowości, potwierdzone potem przez liczne kontrole. Ich schemat był w każdym przypadku podobny. Parafia czy zakon zgłaszały do komisji szkodę, jaka została im wyrządzona (niekoniecznie w czasach PRL, były przypadki, gdy od III RP domagano się zwrotu ziemi, którą zabrał car po 1864 r.), a ta szukała rekompensaty. Ponieważ utracone dobra od dawna znajdowały się w innych rękach, instytucjom kościelnym najczęściej zwracano zupełnie inną ziemię, znajdującą się jeszcze w rękach samorządów lub państwa. W najbardziej atrakcyjnych punktach miast. Poszkodowani nawet nie mogli się odwołać, musieli oddawać grunty, na których mieli zamiar budować szpitale, szkoły czy inne obiekty użytku publicznego.
Do chorego mechanizmu doszły przekręty. Miały polegać na tym, że kilkakrotnie zaniżano wycenę gruntów, które – w postaci rekompensaty – stawały się własnością zakonów lub parafii. Komisja Majątkowa nawet nie próbowała wartości owych gruntów szacować. Opierała się na wycenach przedstawionych przez pełnomocników Kościoła! Interesów państwa nie bronił nikt. A jednak w kolejnych sprawach prokuratury najczęściej stosowały umorzenie. Nie dlatego, że nie dopatrzyły się działań na szkodę państwa, korupcji itp. Umarzano, ponieważ... uznano, że członkowie Komisji Majątkowej nie byli funkcjonariuszami publicznymi. Wniosek – mogli państwu szkodzić.
W tym kontekście sam fakt, że przed sądem krakowskim proces przeciwko Markowi P. i członkom Komisji Majątkowej jednak się odbędzie, stanowi przełom. Jeśli sąd potwierdzi zarzuty, śmiało można będzie powiedzieć, że dzięki Komisji Majątkowej Kościół odzyskał dużo więcej, niż stracił. Wzbogacił się bezprawnie. A mimo to nikt mu dzisiaj już tego nie zabierze. Komisja Majątkowa szkodziła bowiem państwu w majestacie prawa. Co najwyżej ukarani zostaną oskarżeni.
Na wyrok potwierdzający nieprawidłowości działania komisji z nadzieją czekają jednak samorządy lokalne, którym KM odebrała najatrakcyjniejsze grunty. Poszkodowane gminy także już ich nie odzyskają, ale będą mogły zażądać rekompensaty finansowej... od państwa. Państwo, czyli my wszyscy, zostanie oskubane po raz drugi.