Potem, już w wolnej Polsce, wszedł w skład komisji weryfikującej funkcjonariuszy resortu spraw wewnętrznych pod kątem ich ewentualnego przyjęcia do służb specjalnych demokratycznego już państwa. Wtedy – wraz z kilkoma przyjaciółmi z opozycji – uznał z kolei, że dla dobra III RP należy wykorzystać doświadczenie przynajmniej niektórych z nich i udzielić swoim niedawnym przeciwnikom kredytu zaufania. Obyło się więc, zwłaszcza w strukturach wywiadu, bez rewolucyjnej czystki, dzięki czemu polskie służby – po kilku brawurowych operacjach – zyskały rychło uznanie w branży oraz status rzeczywistego sojusznika na Zachodzie.
Zresztą równie nieoczywiste było samo jego zaangażowanie w reformowanie ministerstwa spraw wewnętrznych. Antykomunistyczna opozycja, a już WiP w szczególności, siłą rzeczy miały w swej tradycji silne wątki anarchistyczne. Tymczasem teraz trzeba było budować struktury silnego państwa – w tym tak drażliwe i dotąd znienawidzone służby specjalne.
Krzysztof Kozłowski, wtedy człowiek Tadeusza Mazowieckiego na ul. Rakowieckiej, wielekroć wspominał, że bynajmniej nie miał wielu chętnych do tej roboty. Z tym większym szacunkiem mówił o tych kilkudziesięciu chłopcach z WiP-u, którzy wiosną 1990 roku zgodzili się mu pomóc. Obok Piotra Niemczyka, Bartłomieja Sienkiewicza czy Wojciecha Brochwicza wymieniał zawsze Kostka Miodowicza.
Co więcej, to ten świeżo upieczony podporucznik (bo taki stopień miał początkowo Miodowicz) zająć się miał także stworzeniem całkiem nowego w polskich warunkach pionu: tzw. Biura Analiz. „Biały” wywiad – czyli diagnozy sytuacji sporządzane przez UOP na podstawie dostępnych publicznie źródeł (medialnych, naukowych itp.