Mimo że na politycznej emeryturze pozostawał od 24 lat, nie odszedł całkowicie w stan spoczynku. Za swoją rolę w najnowszych dziejach był bez przerwy pociągany do odpowiedzialności – moralnej, politycznej, prawnej – przez środowiska, które określały się jako antykomunistyczne, niepodległościowe i wprowadziły obyczaj protestowania przed domem generała każdego 13 grudnia w rocznicę wprowadzenia stanu wojennego w 1981 r. Stawał też w sądach. Oskarżany w sprawie wypadków grudniowych 1970 r. (a był wtedy ministrem obrony narodowej) i w sprawie wprowadzenia stanu wojennego. Procesy te trwały latami, bez wyroku; zostały zawieszone z powodu złego stanu zdrowia generała.
On sam mimowolnie podsycał te spory, z niezwykłą konsekwencją występując w obronie swojej polityki, zwłaszcza decyzji o wprowadzeniu stanu wojennego („wybór mniejszego zła”). Brał udział w konferencjach, dawał liczne wywiady, pisał książki i obszerne uzasadnienia dla sądów, jak i dla opinii publicznej, rozsyłając kopie do wielu dziennikarzy i naukowców, prowadził szeroką korespondencję.
Z tego powodu, ale przecież nie tylko, skupiał na sobie uwagę w każdej dyskusji czy kłótni o przeszłość, która, jak to u nas, na ogół była składnikiem teraźniejszej walki politycznej. I często, tak czy inaczej, wyłaniał się w tych sporach Wojciech Jaruzelski ze swoim peerelowskim bagażem, który przeniósł do III RP. Bo wszystkie jego oczywiste i łatwe do potępienia winy zostały niejako przełamane Okrągłym Stołem i oddaniem przez komunistów władzy w sposób łagodny i pokojowy. Z rzeczywistym udziałem Wojciecha Jaruzelskiego, którego decyzje i wola rozbroiły stary reżim, z jego aparatami, instytucjami, siłami i aktywistami.