Mając poparcie części Episkopatu, działające pod pozorem ewangelizacji Radio Maryja stworzyło w III RP potężne i tajemnicze imperium polityczne funkcjonujące na granicy prawa. Już w latach 90. jego siła była tak duża, że toruńska stacja mogła sobie pozwolić na nieskładanie dorocznych sprawozdań finansowych w KRRiT, co w przypadku każdej innej stacji skończyłoby się utratą koncesji. Ojcu Rydzykowi włos jednak z głowy nie spadł, a jawnie lekceważona Rada przyznała mu jeszcze koncesję na satelitarną stację telewizyjną. Także fiskusowi nigdy się nie udało wyjaśnić tajemnic finansowych zakonnej rozgłośni, a żaden rząd i ekipy lustratorów nie odważyły się do końca zbadać podejrzanych powiązań Ojca Dyrektora z tajnymi służbami na Wschodzie i z dziwnymi ośrodkami w Niemczech.
Podnoszone przez media pytania, jak to możliwe, że polska katolicka stacja korzysta z wojskowych nadajników w Rosji, nie doczekały się rzetelnej odpowiedzi. Nawet podejrzane operacje finansowe najbliższego współpracownika Ojca Dyrektora i aferalna sprawa zbierania przez stację świadectw udziałowych na ratowanie Stoczni Gdańskiej (która nic na tym nie skorzystała), nie doczekały się osądzenia.