Historię ewolucyjną można generalnie odtwarzać na dwa sposoby. Pierwszy opiera się na skamieniałych szczątkach organizmów zachowanych w różnych warstwach skał osadowych. Na podstawie datowania wieku skał można oszacować, w jakim okresie żył dany organizm. Ograniczeniem tej metody jest fakt, że wiele organizmów ma miękkie tkanki, które rzadko ulegają fosylizacji. Drugie podejście polega na wykorzystywaniu narzędzi współczesnej genetyki, które pozwalają na dużo precyzyjniejsze rekonstruowanie historii, ponieważ w genach organizmu zapisana jest jego historia ewolucyjna.
Naukowcy zdołali zidentyfikować Darwinowską formę pierwotną na podstawie porównania organizmów z różnych królestw i wyizolowania wspólnych genów, które sięgają początków życia. Jak pisze Nick Lane w książce Pytanie o życie, protoplastą całego życia na Ziemi jest komórka, która powstała między 4 a 3,8 miliarda lat temu, około pół miliarda lat po powstaniu Ziemi. Ta komórka, mówi Lane, była dość wyrafinowana i dzięki temu, że przetrwała, przekazała swoje istotne dla przetrwania cechy każdej późniejszej komórce, jaka od tego czasu powstała, w tym również wszystkim komórkom w naszych ciałach. Pierwotny organizm, matka wszelkiego życia, ma swoją nazwę, czy raczej pseudonim: nazywa się LUCA, od angielskiego last universal common ancestor, czyli ostatni uniwersalny wspólny przodek wszelkiego życia, podstawa drzewa życia.
LUCA prawdopodobnie nie był pierwszym przejawem życia. Komórka jest złożoną maszynerią biologiczną i LUCA nie pojawił się ot tak, nagle, od razu w pełni ukształtowany. RNA, DNA oraz białka tworzyły w praoceanie prymitywne formy życia zwane protokomórkami. Z tych biologicznych zrywów w końcu zrodził się LUCA. Choć sam już nie istnieje, jego pierwsze dzieci – bakterie i archeony – żyją dalej i stanowią zasadnicze ogniwo w ewolucji całego późniejszego życia, w tym zwierząt takich jak my.
Kluczowe dla zrozumienia historii ewolucyjnej jest zatem pojęcie wspólnego pochodzenia. Grupa organizmów wywodząca się od wspólnego przodka nosi nazwę kladu. Biologowie ewolucyjni często posługują się kladogramami, aby pokazać wspólne pochodzenie ustalone na podstawie badań paleontologicznych lub genetycznych. Rysunek 4.1 przedstawia kladogram sześciu królestw życia, które wyewoluowały z LUCA. Punkty rozgałęzień na długiej diagonalnej linii oznaczają wspólnych przodków, którzy często nie są żyjącymi organizmami – 99 procent wszystkich gatunków, które kiedykolwiek żyły, wyginęło. Końce linii wychodzących z punktów rozgałęzień oznaczają żyjące organizmy.
W tym miejscu dobrze byłoby rozprawić się z błędnym wyobrażeniem, że ludzie pochodzą od małp. Częściowo właśnie na tym fałszywym założeniu opierał się słynny „małpi proces”, w którym teorię ewolucji przeciwstawiono religii. Ludzie są hominidami (człowiekowatymi) i naszymi najbliższymi nieczłowiekowatymi naczelnymi krewnymi są szympansy. Więc jeśli już, to powinien był to być „szympansi proces”. Co nie zmienia faktu, że nie pochodzimy również od szympansów. Za to wczesne hominidy mają z szympansami wspólnego przodka.
Tak samo – choć i szczury, i ludzie są ssakami, i w związku z tym mają pewne cechy wspólne, takie jak owłosienie ciała, opieka nad młodymi i karmienie mlekiem – nie mamy szczurów w swojej genealogii. Szczury i naczelne mają natomiast wspólnego ssaczego przodka, po którym zostały odziedziczone te cechy. Dlatego dzięki badaniu mózgów gryzoni możemy dowiedzieć się ważnych rzeczy na temat ludzkiego mózgu. Musimy jednak wystrzegać się przy tym zakładania czy sugerowania, że człowiek jest po prostu bardziej zaawansowanym szczurem czy nawet bardziej zaawansowanym szympansem, ponieważ zwierzęta te należą do innych kladów.
Joseph LeDoux, Historia naszej świadomości, przeł. Anna Binder, Marek Binder, Copernicus Center