Choć rzecznik Stolicy Apostolskiej temu oficjalnie zaprzeczył, Amerykanie mieli zapewnić, że przed odlotem papieża z Kazachstanu do Armenii żadnej wielkiej akcji militarnej nie będzie. Czarny Wtorek wstrząsnął papieżem. Już w kilka godzin po ataku wysłał telegram kondolencyjny do prezydenta Busha. 12 września podczas audiencji generalnej na placu św. Piotra papież mówił wyłącznie o tragedii w Ameryce: „Oby spirala nienawiści i przemocy nie zatriumfowała, wydarzenia wczorajsze to przerażający cios zadany pokojowi i godności ludzkiej”.
Dzień później w czasie ceremonii akredytacyjnej nowego ambasadora USA przy Watykanie Jamesa Nicholsona Jan Paweł II zapewnił go, że łączy się w bólu z narodem amerykańskim i przypomniał, że podczas niedawnego spotkania z prezydentem Bushem wyraził podziw dla wartości kształtujących charakter Amerykanów.
Nazajutrz listy uwierzytelniające składał papieżowi ambasador Kazachstanu Nurlan Danenow. Jan Paweł II pogratulował mu, że niepodległy od 10 lat Kazachstan chroni u siebie pluralizm narodów, kultur i religii, widząc w wielości raczej szansę niż zagrożenie. Była to już zapowiedź przesłania, które papież wiózł do Azji Środkowej w momencie, gdy napięcie stale tam rosło.
Watykański premier, sekretarz stanu kardynał Angelo Sodano, który zwykle towarzyszy papieżowi w zagranicznych podróżach, miał pozostać w Rzymie, by utrzymywać stały kontakt z politykami światowymi, pragnącymi poznać stanowisko Stolicy Apostolskiej na temat sytuacji międzynarodowej i informować papieża o postępach w montowanej koalicji antyterrorystycznej.
Lot z Rzymu do nowej stolicy Kazachstanu Astany (4200 km) trwał sześć godzin. Kazachstan dzieli od Afganistanu kilkaset kilometrów. 81-letni papież nie mógł nie myśleć o przygotowaniach do działań zbrojnych w rejonie, do którego wiózł go odrzutowiec Alitalia Airbus A321.