Zaraz po ogłoszeniu wyników pierwszego konkursu zwycięski projekt profesora Marka Budzyńskiego prymas nazwał „wyzwaniem, rozwiązaniem frapującym i pobudzającym do dyskusji”, w którym „przejawia się głębia teologiczna”. Okazało się jednak, że dyskusja, którą projekt pobudził, tylko mu zaszkodziła, a teologiczna głębia, jaką ujawnił, niektórym biskupom wydała się zbyt przepastna i ciemna. Niekonwencjonalny projekt przepadł w niej razem z autorem. Pracy zarzucono za dużą eksperymentalność przy zbyt małym nasyceniu sakralnością, zaś autorowi – chęć pobrania za wysokiego honorarium. Przy okazji zaczęto szeptać, że cała ta zielona góra z kryształem to w ogóle nie jest chrześcijański kościół, ale masońsko-żydowska świątynia lansująca New Age.
Po raz pierwszy o wystawieniu świątyni (jako wyrazu dziękczynienia za wydobycie Polski spod obcej przemocy) zdecydował Sejm Czteroletni w dwa dni po uchwaleniu Konstytucji 3 maja. Ale Sejm, mimo że uchwalił jedną z pierwszych konstytucji nowoczesnego świata, postawić świątyni nie dał rady. Do idei budowy świątyni wrócił Sejm poprzedniej kadencji. Ogłoszenie otwartego konkursu na projekt świątyni uznano za wielkie osiągnięcie Kościoła i SARP, dzięki któremu, jak zapewniano, efekt końcowy będzie znacznie lepszy niż bazylika w Licheniu. Na konkurs wpłynęło aż 101 prac, z których najbardziej spodobały się trzy: zielona góra z kryształem, echo gotyku w modernistycznej edycji na styku trawy i nieba oraz prosta bryła z kamienia z krzyżem w elewacji. Prymas niespodziewanie wybrał do realizacji zieloną górę z kryształem, wywołując tym spore zamieszanie. Bogactwo projektu oszołomiło niektórych biskupów i wiernych, wielu z nich po obejrzeniu makiety zaczęło nawet wątpić, czy Opatrzność wciąż jeszcze czuwa nad szlachetną ideą wzniesienia świątyni.