Otóż okazuje się, że działały dwa niezależne od siebie resorty obrony: jeden kierowany przez kolejnych ministrów, drugi przez sekretarza stanu, a komunikacja między nimi polegała na wysyłaniu przez sekretarza stanu skarg do premiera i gremiów politycznych na różne decyzje ministra. Oto fragmenty listów, jakie Romuald Szeremietiew wystosowywał ostatnio zwalczając swego zwierzchnika. Do premiera pisał na przykład: „W dniu dzisiejszym (09.05 br.) dowiedziałem się z dziennika »Rzeczpospolita«, że Minister Obrony Narodowej p. Bronisław Komorowski dokonał wczoraj istotnych zmian na stanowiskach dowódczych w wojskach lądowych. Nie byłem informowany o tych zmianach i nikt ich ze mną nie uzgadniał. Chciałbym znać opinię Pana Premiera, czy tak ważne w wojsku nominacje powinny być konsultowane z sekretarzem stanu, I zastępcą Ministra Obrony Narodowej zwłaszcza w sytuacji, gdy szefem resortu jest polityk ugrupowania opozycyjnego”.
Do swego zwierzchnika min. B. Komorowskiego wówczas jeszcze wiceminister R. Szeremietiew zwracał się tak (po otrzymaniu do zaopiniowania dokumentów dotyczących restrukturyzacji MON): „Pragnę zauważyć, że zajmuje Pan stanowisko szefa resortu, należąc od pewnego czasu do ugrupowania opozycyjnego. Będąc Pańskim zastępcą należę do AWS, ugrupowania tworzącego rząd. W tym stanie rzeczy zwykła przyzwoitość, nie wspominając o konieczności zapewnienia harmonijnej współpracy między nami, wymaga, aby zasadnicze sprawy dotyczące resoru były ze mną uzgadniane(...) Propozycja restrukturyzacji urzędu wygląda na amatorską koncepcję, nie była bowiem przedmiotem żadnej zinstytucjonalizowej dyskusji (...) Sposób w jaki usiłuje pan dokonać restrukturyzacji urzędu ministra obrony narodowej jest sprzeczny z prawem, przyjętymi dobrymi zwyczajami i burzy kompetencje oraz odpowiedzialność poszczególnych osób funkcyjnych w resorcie obrony narodowej.