Najwyższa Izba Kontroli zbadała realizację zadań przez Biuro Ochrony Rządu. NIK nie dopatrzyła się nieprawidłowości, jeśli chodzi o ochronę osób. Ma jednak zastrzeżenia do ochrony poszczególnych obiektów, na przykład brak urządzenia zapewniającego bezpieczeństwo funkcjonariuszy podczas ładowania i rozładowania broni w miejscu pełnienia służby oraz „niesprawności urządzenia technicznego w obiekcie Belweder”. NIK zauważyła też niską sprawność urządzeń i nieszczelność stref bezpieczeństwa podczas pracy poza Polską, a także nadwyżkę wyposażenia BOR (pistolety i rewolwery – 158 proc. normy). Naruszono też ustawy dotyczące zamówień publicznych (po kontroli 17 zamówień ustalono, że 8 z nich o wartości ponad 15 mln zł udzielono z naruszeniem przepisów), szef MSWiA, choć powinien, nie wydał aktów wykonawczych do ustawy o BOR i prawie budowlanym (chodziło o warunki techniczne strzelnic resortu spraw wewnętrznych).
Według raportu NIK, w 2002 r. ochraniano 28 osób i 34 obiekty, w 2003 r. – 24 osoby i tyle samo obiektów, a w 2004 r. 31 osób i 25 obiektów. Ponadto chroniono 11 obiektów specjalnych, przeznaczonych do zapewnienia ciągłości funkcjonowania organów państwowych w razie zagrożenia bezpieczeństwa państwa, delegacje państw obcych goszczących w Polsce, obiekty parlamentu pod względem pirotechniczno-radiologicznym oraz 53 polskie placówki dyplomatyczne i konsularne. Cztery lata temu w BOR służyło 4205 funkcjonariuszy, ale po jego uzawodowieniu – 2086. Obecna ustawa budżetowa przewiduje ponad 2300 etatów. – To, ile ochraniamy obiektów, pozostanie naszą tajemnicą – mówi płk Jarosław Kanarek z BOR. Zapewnił też, że nieprawidłowości wskazane przez NIK są na bieżąco usuwane.