Kapitan Arno Anderson znany był z punktualności i braku respektu dla żywiołu morskiego. Apogeum sztormu, który zlekceważył chcąc zdążyć na czas do portu docelowego, przypadło na środek nocy 28 września 1994 r. Szwedzki pilot helikoptera, który przybył na miejsce katastrofy wkrótce po zatonięciu promu, zeznał, że wysokość bałtyckich fal dochodziła do 8 m. Dramat rozpoczął się 100 km na południowy zachód od brzegów Finlandii. Mechanizmy hydrauliczne utrzymujące rampę połączoną z furtą dziobową poluzowały się i do wnętrza statku wdarły się tony wody. 155-metrowa jednostka zatonęła w niespełna godzinę, zabierając ze sobą 852 ofiary. Do dziś nie wiadomo, dlaczego tak szybko prom poszedł na dno.
Śledztwo
Wspólna Komisja do Zbadania Okoliczności Wypadku (JAIC) Szwecji, Finlandii i Estonii przez trzy lata prowadziła dochodzenie. W opublikowanym pod koniec 1997 r. raporcie winą za katastrofę obarczona została niemiecka stocznia Meyer Werft z Papenburga, w której zbudowano prom. Przyczyną zatonięcia był według komisji źle skonstruowany luk dziobowy i zespół rygli, tzw. zamek atlantycki, zamykających furtę dziobową. Elementy te miały podobno zbyt małą wytrzymałość. Poluzowanie się rygli spowodowało urwanie furty i dostanie się wody do wnętrza „Estonii”.
Zarzuty JAIC odparła wspierana przez stocznię Niemiecka Komisja Ekspertów (GGE). Zarzuciła liczne zaniedbania specjalistom z JAIC, którzy pozbyli się głównego dowodu w sprawie, czyli zamka atlantyckiego, wyrzucając go po wydobyciu za burtę. Na dodatek podczas licznych nurkowań nie pobrano próbek stali z wraka, a dokumentacja wideo została podobno ocenzurowana. Z powodu skandalu, który wynikł po opublikowaniu oficjalnego raportu Wspólnej Komisji, do dymisji podał się jej przewodniczący Andi Meister z Estonii.