Te dwa miesiące Jędrzejczak spędził w areszcie po tym, jak w październiku 2004 r. prokuratura postawiła mu zarzut działania na szkodę miasta i spółek budowlanych. Funkcjonariusze ABW zabrali prezydenta z domu o poranku i zawieźli do prokuratury w Szczecinie na przesłuchanie. Z prokuratury Jędrzejczak trafił do aresztu. Dostał szczoteczkę do zębów, ale skarpetki i bieliznę mógł zmienić dopiero po tygodniu, kiedy żonie zezwolono na dostarczenie paczki. W areszcie podpisał budżet Gorzowa i zatwierdził świąteczne nagrody dla pracowników magistratu.
Wyszedł na wolność w styczniu 2005 r. po wpłaceniu kaucji, na którą złożyli się przyjaciele. Wrócił do Urzędu Miasta i rządził do końca kadencji. Kiedy ogłosił, że zamierza się starać o reelekcję, wywołał burzę na lokalnej scenie politycznej. PiS i PO ruszyły ramię w ramię do walki z Jędrzejczakiem.
Lewicowo-prawicowy
Jędrzejczak jest pierwszym prezydentem stąd: urodził się w Gorzowie, tu się wychował i tu wrócił po studiach. Jest historykiem. Pokolenie jego rodziców było zza Buga, z Wileńszczyzny, ze Lwowa, z Warszawy, z Ravensbrück, z Łemkowszczyzny, zza Sanu, z centralnej Polski. Przyjechali po wojnie i zaczęli od zera tworzyć historię Gorzowa. Bo wcześniej miasto nazywało się Landsberg. Lokalna społeczność ugniatała się jak drożdżowe ciasto, ciężko i długo, i w wiecznej niepewności, bo granica zachodnia na Odrze i Nysie została uznana przez Niemców dopiero w 1970 r. Pierwszy prywatny dom ktoś odważył się zbudować dopiero w połowie lat 60. Dramatyczne dzieje miasta wyzierają z fasad domów, z bram, podwórek od lat nieremontowanych, bo były niczyje. Teraz to zaczyna się zmieniać.
– Jestem dumny, że Gorzów jest trzykrotnie większym miastem niż Landsberg, że są tu wyższe uczelnie, których kiedyś nie było, że nie jest prowincjonalnym miastem niemieckim, lecz siedzibą polskiego województwa.