Jedną z funkcji IPN jest działalność badawcza, lecz nie może on być uważany za jeszcze jeden z instytutów naukowych i nie może działać wedle identycznych jak one reguł. To bardzo mocno podkreślam, bo w dyskusjach, po ujawnieniu listy Wildsteina, często pojawia się, jako argument bagatelizujący, porównywanie jej z katalogami bibliotek naukowych. Takie porównania to albo niezrozumienie, albo wyraźnie zła wola. Instytut Pamięci Narodowej jest w pierwszym rzędzie gigantyczną zbiornicą z trudnymi, przemielanymi przez kilkadziesiąt lat dyktatury, losami ludzi, w ogromnej części żyjących lub niedawno zmarłych, których najbliżsi krewni nadal żyją. Zasoby żadnej placówki naukowej i żadnego archiwum państwowego – co do siły wpływania na indywidualne, dzisiejsze i jutrzejsze życie wszystkich, których teczki dotyczą, także ich rodzin – nie mogą się porównywać z zasobami IPN i co za tym idzie, w stosunku do nich nie mogą obowiązywać takie same zasady jak gdzie indziej. Dotyczy to i katalogowania, i udostępniania zasobów. W obu wypadkach muszą być brane pod uwagę skutki, jakie ujawnianie zasobów oraz informacji o zasobach może mieć dla losów ludzi, bez względu na to, kim oni byli w PRL.
Profesor Leon Kieres i inni pracownicy IPN podkreślają, że zadaniem Instytutu nie jest lustracja. Zadaniem może nie jest i nie powinna być, ale w praktyce niestety jest, i to bardzo ułomna. Narzuca ją ustawa, która wprowadziła kategorię pokrzywdzonych i jako całą resztę – niepokrzywdzonych. Sposób zdefiniowania obu kategorii prowadzi do takich absurdów jak zaliczenie Macieja Giertycha czy Ryszarda Bendera do pokrzywdzonych, mimo że należeli do establishmentu PRL, do pozapartyjnego słoja nomenklatury, cieszyli się względami władzy, a charakter kontaktów Giertycha z bezpieką właściwie kwalifikowałby go bardziej do kategorii jej współpracowników.