Przez pierwsze dziewięć miesięcy po objęciu prezydentury przez Lecha Kaczyńskiego gabinet szefa BBN stał pusty. By formalnościom stało się zadość, prezydent przekazał obowiązki kierownicze – do kompletu – szefowi swojej Kancelarii Andrzejowi Urbańskiemu. Faktycznie pracami zarządzał pozostały w spadku po prezydencie Kwaśniewskim wiceszef biura adm. Ryszard Łukasik. Choć wojna z terroryzmem trwała w najlepsze, a niepewna sytuacja w firmie motywowała analityków BBN do wykazywania swojej przydatności, popyt na ich prace, choćby na tezy do prezydenckich wystąpień, był wyraźnie słabszy niż w czasach poprzednika.
Powołanie Władysława Stasiaka na szefa BBN w sierpniu 2006 r. rokowało ożywienie. Były wiceprezydent Warszawy, bezpośrednio przed tym awansem wiceminister w MSWiA, wprowadzając się do futurystycznego – wybudowanego z wizją i licznymi usterkami – budynku przy ul. Karowej, na tyłach ogrodów prezydenckich, zapowiadał, że ożywi ospały urząd. „To nie będzie więcej instytucja malowana. Dokładnie określę, co zagraża Polsce i jak z tym walczyć. Na pierwszy ogień pójdzie opracowanie strategii bezpieczeństwa narodowego” – deklarował w mediach. Po 12 miesiącach z dnia na dzień opuścił BBN, aby załatać lukę w administracji rządowej, powstałą po odwołaniu Janusza Kaczmarka z MSWiA. Mówi się, że do ożywiania Biura Stasiak powróci po wyborach – jeśli PiS je przegra. Gen. Roman Polko, który teraz stoi na czele Biura, jako wojskowy może być tylko p.o.
– To, czym jest BBN, zależy od prezydenta – tłumaczy Marek Siwiec, szef Biura w czasach Aleksandra Kwaśniewskiego, z najdłuższym, 7-letnim stażem. – Szef państwa działa na zasadzie udzielenia cesji – oddaje szefowi BBN pewien obszar swojej odpowiedzialności.