Początek zakonowi cystersów dało benedyktyńskie opactwo w Molesmes we Francji, którego opat św. Robert uznał, że na nowo trzeba odrodzić regułę św. Benedykta i w 1098 r. założył klasztor w Cîteaux (łac. Cistercium). Jego dzieło kontynuowali święci: Alberyk, Stefan, a zwłaszcza Bernard z Clairvaux, za którego rządów zakon przeżył złoty wiek rozwoju. W roku jego śmierci (1153 r.) istniało już 345 opactw.
Św. Bernard był wielkim krytykiem wcześniejszej architektury sakralnej. W kościołach nie podobała mu się liczba, wielkość oraz kosztowne wyposażenie kaplic, które miały przeszkadzać wiernym w skupianiu się na modlitwie. Kierowana przez niego cysterska kapituła zakazała m.in. budowania wież dzwonniczych, wstawiania do kościołów rzeźb i obrazów, z wyjątkiem obrazu Zbawiciela Chrystusa, wykonywania wielobarwnych posadzek, zalecała też usunięcie witraży.
Klasztory cysterskie miały być budowane poza miastami, wśród pól i lasów, koniecznie nad płynącą wodą, którą wykorzystywano do poruszania młyńskich kamieni i innych urządzeń. Powołując filię opactwa, z czasem przekształcaną w samodzielny klasztor, w akcie lokacyjnym zabiegano o odpowiednie dla niej uposażenie. Nowego opata posyłano tam wtedy, kiedy gotowych do wyjazdu z nim było co najmniej 12 mnichów, a na miejscu stały już: kaplica, refektarz, sala sypialna, furta i dom dla gości. Tak, aby mnisi od początku mogli „służyć Bogu i żyć według reguły”.
Po śmierci św. Bernarda – jak pisze w swoich opracowaniach prof. Ewa Łużyniecka, specjalistka od cysterskiej architektury – reguł tych już tak nie przestrzegano. Wprowadzano innowacje wynikające z lokalnej sytuacji gospodarczej, ukształtowania terenu i rozpowszechniania się gotyku, a później baroku. Do kościołów wróciły witraże, rzeźby i kolorowe posadzki.