Uczelnię po raz pierwszy ufundował w 1364 r. król Kazimierz Wielki (1333–70). Fundator niedługo potem zmarł, a aktywność uniwersytetu przygasła. Dwadzieścia lat później, za panowania Władysława Jagiełły (1386–1434), podjęto próbę renowacji. Pierwsza małżonka króla Jadwiga (1384–99), pochodząca z węgierskiej linii francuskich Andegawenów, umierając, przeznaczyła na potrzeby uniwersytetu część swego majątku osobistego. Owdowiały król w 1400 r. odnowił uniwersytet, a w kolejnych latach nadał mu znaczne uposażenie. Z jego daru uniwersytet otrzymał herb z wyobrażeniem orła państwowego podtrzymywanego przez św. Stanisława, patrona Królestwa Polskiego, a także pierwsze berło rektorskie. Stąd uważano go za fundatora uniwersytetu i w 1817 r. wprowadzono oficjalną nazwę – Uniwersytet Jagielloński.
Pierwsza formalna likwidacja uniwersytetu nastąpiła w 1655 r. w czasie wojen ze Szwecją. Profesorowie, nie chcąc złożyć przysięgi wierności królowi szwedzkiemu Karolowi Gustawowi Wazie, ogłosili jego rozwiązanie. Oczywiście tylko pozornie, na czas najazdu. Po raz drugi uniwersytet został zlikwidowany przez okupacyjne władze niemieckie w 1939 r. Niemcy aresztowali niemal wszystkich profesorów i zesłali ich do obozów koncentracyjnych, a w budynkach umieścili Institut für Deutsche Ostarbeit, który planowali przekształcić w niemiecki uniwersytet im. Mikołaja Kopernika. Przeszkodziła im w tym klęska wojenna.
Finanse i nadzór
Klejnoty królowej Jadwigi i nadania jej męża Władysława to było pierwsze uposażenie uniwersytetu. Przez wiele wieków uczelnia korzystała tylko z nich oraz zapisów prywatnych. Kolejne dary i fundusze pochodziły od władców, biskupów, magnatów, bogatych mieszczan, profesorów, ale też od ludzi prostych. Na przykład w XV w.