Żołnierze Wehrmachtu dopuszczali się zbrodni wojennych. Nie chodzi przy tym o zniszczenia w toku działań zbrojnych, które wynikały ze sposobu prowadzenia wojny. Jedną z pierwszych takich zbrodni, z września 1939 r., jest rozstrzelanie ok. 300 polskich jeńców wziętych do niewoli pod Ciepielowem. Kolejny mord miał miejsce w Boryszewie, gdzie rozstrzelano 50 jeńców z Bydgoskiego Batalionu Obrony Narodowej – w odwecie za tzw. krwawą niedzielę w Bydgoszczy.
Najbardziej znany jest tzw. rozkaz o komisarzach z 6 czerwca 1941 r. wydany przez szefa Naczelnego Dowództwa Wehrmachtu, gen. Wilhelma Keitela. Nakazywał on natychmiastowe rozstrzeliwanie wziętych do niewoli sowieckich komisarzy politycznych. Nie wszyscy dowódcy niemieccy się mu podporządkowali, niemniej historycy są obecnie w stanie wykazać ponad 3 tys. udokumentowanych przypadków egzekucji, przy czym rzeczywista ich liczba jest zapewne znacznie większa.
Również stosunek żołnierzy niemieckich do ludności cywilnej, zwłaszcza na Wschodzie i na Bałkanach, był nierzadko karygodny. Do tego dochodziły brutalne akcje pacyfikacyjne, związane ze zwalczaniem partyzantów. Wehrmacht uczestniczył również w tzw. ostatecznym rozwiązaniu kwestii żydowskiej, choćby przez użyczenie swoich środków transportowych do wywozu Żydów do obozów Zagłady. Dokonywano także wyłuskiwania spośród jeńców osób żydowskiego pochodzenia.
Zbrodnie Wehrmachtu mają swoje korzenie w odgórnych decyzjach, narzucanych całości sił zbrojnych przez dowództwo, ale niejednokrotnie przybierały charakter spontanicznych mordów na jeńcach bądź cywilach.